从前桥高中毕业后，小栗考入了早稻田大学第二文学院戏剧专业。大学毕业后，他成为一名自由副导演，在浦山桐郎、山本迪夫、大林宣彦、篠田正浩等人身边工作。他成为一名自由副导演，在浦山桐郎、山本迪夫、大林宣彦、篠田正浩等人身边工作。
1973年，他参加了特摄电视剧《流星人佐恩》的制作，在部分剧集中担任导演。1981年，小栗执导的电影处女作《泥之河》问世。该片以黑白的基调，通过一名少年的所见所感，展现出大阪下层人民的生活。影片夺得了莫斯科国际电影节的银奖，并获得了奥斯卡最佳外语片奖的提名，也为小栗在日本国内赢得了多座最佳导演的奖杯，使之一举成名。随后，小栗不断推出佳作。
1984年的《为了伽耶子》自然细腻地描绘出一名在日朝鲜少年的恋爱故事，在柏林国际电影节上获奖；1990年，他成功地将岛尾敏雄的著名私小说《死之棘》搬上了大银幕，在戛纳国际电影界上得奖，1996年反映群马县风貌的《沉睡的男人》又在柏林、蒙特利尔国际电影节上博得了荣誉。2005年，小栗集结了一批实力派演员推出了以农村为舞台的幻想故事《梦幻森林》。
小栗导演每十年才出一至二部电影，但皆为珠玉之作。这些作品题材各异、风格独特，体现出这位电影大师对社会和人生的思考。
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